医学院位于九江市浔阳区中心位置，院区跨九江学院浔东校区和庐峰校区，其历史可追朔到石美玉女士于1901年创办的九江但福德医院附设护士学校，百年办学历史，造就2万余名医、药、护、技、管等各类专业人才。
九江学院于2008年6月成立医学部，三个一级学科中的基础医学、预防医学和药学合并在一起，更名为基础医学院，主要承担着基础医学、预防医学和药学等教学、科研、实验及药学专业学生教育培养工作；2014年6月，根据学校资源整合调整，药学学科教师与学生与原生命学院合并组建药学与生命科学学院，2020年8月按照九江学院专业设置调整方案，在基础医学院和临床学院基础上成立医学院。医学院截止目前现有：
三个一级学科。包括：基础医学、预防医学、临床医学；其中基础医学学科为校级“十二五”重点建设学科，校“十三五”一流学科。
六个行政、业务科室。分别是：办公室、教学科研管理科、学生科、团委、医学实验中心和医学科研中心。其中：医学实验中心包括基础医学实验中心（江西省基础医学实验教学示范中心）和预防医学综合实验室；医学科研中心由“江西省系统生物医学重点实验室”和“江西省高校系统生物学临床应用重点实验室”组成，另有九江市转化医学重点实验室。
八个教研室。分别是：人体解剖学、组织胚胎学与医学遗传学、病原生物学与免疫学、生理学与病理生理学、病理解剖学、生物化学与分子生物学、药理学等七个基础医学二级学科教研室；一个预防医学学科综合教研室：预防医学教研室。其中：人体解剖学与组织胚胎学学科为江西省高校“十一五”重点学科；病理解剖学学科为校“十一五”重点学科，预防医学学科为院级重点建设学科。
三个服务社会研究所（站、室）：法医病理研究所（卫生厅指定，服务九江和景德镇地区）、九江市红十字会遗体捐献接收站、鄱阳湖生态经济研究中心血吸虫病防治研究室等。这些研究所分别隶属于病理解剖学、人体解剖学、病原生物学与免疫学等教研室。
五个本科专业。分别是：临床医学、临床医学全科医学方向（农村订单定向免费）、医学检验技术、口腔医学、预防医学等五个本科专业；其中：学生培养前半阶段由本院教育管理，后半阶段转入临床医学院管理。
现有全日制在校生1000多人，并承担200多名医学留学生部分专业课程教学工作。2006年起，与南昌大学联合招收培养硕士研究生，目前已有约50人毕业。
教职工近100人。专、兼职教师89人。其中，教授12人，副教授25人，讲师22人，高级实验师6人，实验师6人。副高以上教师占教师总数的47%；教师队伍中：具有博士学位30人，博士学位教师占教师总数34%，南昌大学医学院兼职硕士生导师11人，江西省教学名师1人，江西省高校中青年骨干教师5人。
省级、校级质量工程项目。江西省精品课程：生物化学；江西省精品资源共享课：病理解剖学、生物化学；江西省优秀教学团队：人体解剖学教学团队；江西省双语教学示范课程：系统解剖学；校科技创新团队：系统生物医学科研创新团队；校优秀教学团队：基础医学、人体机能学、人体解剖与组织胚胎学；校精品课程：人体解剖学、生物化学、病理解剖学、生理学；校双语教学示范课程：系统解剖学、病理解剖学、病理生理学、生理学；校级精品资源共享课：医学免疫学。“江西省虚拟仿真实验教学项目”：《血吸虫病实验室诊断与健康教育虚拟仿真实训系统》。
主要教科研业绩
1、2010年～2020年分别被评为校教学工作、科研工作、学科建设、师资队伍建设和实验室及实践教学先进学院、全员育人、先进基层党委等先进集体28次。
2、2013年获省教学成果一等奖1项（杨耀防、车向新、汪鑫等），2016年获省自然科学二等奖1项（余敬谋、车向新、李卫东、谢鑫）。
3、2012年，定向医学生培养获批教育部、江西省卓越医师培养试点项目和江西省人才培养创新实验区。
4、临床医学专业获批省级特色专业；《生物化学》被评为江西省精品课程；《系统解剖学》被评为江西省双语教学示范课程；人体解剖学教学团队获批江西省优秀教学团队；《病理解剖学》、《系统解剖学》课程被评为校精品课程和校精品资源建设课程。
5、2010～2020年获批国家自然科学基金项目40项，项目数约占全校总数的29%。获教育部“十一·五”规划和人文社科课题2项，国家科技支撑计划子项目1项；近五年累计获得省科技厅课题22项，市厅级课题50余项，在EI、SCI等权威期刊发表论文40多篇，CSCD论文38篇，北大核心期刊130余篇；获江西省科研成果奖3项，发明专利5项；主编、副主编教材42本。学生也在各类比赛中获奖。2016～2020年基础医学院代表队获第四届全国大学生基础医学创新论坛暨实验设计大赛二等奖2项，三等奖3项，优胜奖5项，在第一届江西省生物化学与分子生物学综合技能大赛中，获得一等奖1项，二等奖7项，三等奖1项。教学、科研项目与成果。“城乡社区适用型卫生人才培养的改革与实践”获江西省教学改革成果一等奖。
对外交流与合作。近10年来，医学院先后派出60余人分赴美国、加拿大、澳大利亚、泰国、突尼斯、柬埔寨等国家和港澳台等地区考察进修访问和参加国际学术会议。目前，与美国耶鲁大学医学院基因研究中心等机构建立了合作研究关系，近五年10人次赴美国耶鲁大学医学院基因研究中心访问研修。医学院是美国中华医学基金会（CMB）援助学校的重要组成部分和社区定向医学教育国际网络组织成员。
正在重点实施：教育部及江西省卓越医生培养计划试点项目：农村订单定向免费本科医学教育人才培养模式改革，国家级教学成果奖申报，积极配合学校申请硕士学位授权点建设。
医学院将以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，在九江学院党委、行政的领导下，继续弘扬“严谨、敬业、求实、创新”的教风和“团结、友爱、勤奋、守纪”的学风，发扬“艰苦创业、开拓进取、爱校如家、敬业奉献”的九医精神，以全新的精神面貌和饱满的工作热情，为创办具有“鲜明特色区域领先的的综合性应用型大学医学院”而努力奋斗。