南开大学医学学科肇始于1930年理学院设立的医学预科班。医学院自1989年开始招生，1993年经原国家教委批准正式成立。医学院目前分布于八里台老校区和津南新校区。在八里台校区，医学院位于始建于1923年的南开园内最古老的建筑——思源堂内；在津南新校区，医学院拥有一座集教学、科研、办公于一体，建筑面积约1.1万平方米的教学大楼。
医学院现有在校生1047人，其中本科生540人，硕士生326人，博士生161人，留学生20人。学院现有教职工104人，其中教授18人，副教授26人。教职工中有中国工程院院士1人，教育部“新世纪优秀人才支持计划”4人，天津市“131”创新型人才培养工程3人。另外，来自津京各大医院的208名一线临床专家被我院聘为硕士生、博士生导师，并承担我院学生的临床教学任务，其中包括中国人民解放军总医院的专家126名。2017年12月，著名免疫学家、中国工程院院士曹雪涛教授任南开大学校长。
高水平科研平台
1.教育部“2011生物治疗协同创新中心”
2.教育部生物医药国际联合实验室
3.“肿瘤免疫与生物疫苗”国家国际科技合作基地
4.天津市“肿瘤微环境和神经血管调节”重点实验室
5.天津市“食品科学与健康”重点实验室
专业设置
医学院目前有3个本科专业，1个一级学科学术型博士学位授权点，4个一级学科学术型硕士学位授权点，2个一级学科专业型硕士学位授权点。
本科专业
学制
学位
毕业所获证书
“5+3”一体化临床医学
8年
医学硕士
《普通高等学校毕业证书》
《学士学位证书》
《硕士研究生毕业证书》
《硕士学位证书》
《执业医师资格证书》
《住院医师规范化培训合格证书》
口腔医学
5年
医学学士
《普通高等学校毕业证书》
《学士学位证书》
智能医学工程
4年
工学学士
《普通高等学校毕业证书》
《学士学位证书》
学术型硕士点（4个）
专业型硕士点（2个）
学术型博士点（1个）
基础医学
临床医学
临床医学
临床医学
口腔医学
口腔医学
食品科学与工程
联合办学
南开大学医学院采用联合办学的教育体制。2007年，南开大学与中国人民解放军总医院（北京301医院）在北京人民大会堂正式签署战略合作协议，实行全面联合办学。自2008年始南开大学医学院七年制临床医学专业学生的后两年（研究生阶段）在解放军总医院进行培养；随后又增加了三年制临床医学联合培养博士和学术型硕士。
2016年经中央编制办、教育部批复同意，天津市市长办公会讨论通过，天津市第四医院整建制划转南开大学，成为南开大学直属附属医院。2017年10月16日，南开大学医学联盟战略发展论坛暨战略合作签约仪式隆重举行。南开大学分别与天津市12家三级甲等医院签署合作协议、确立战略合作关系，在医疗技术服务、科研平台建设、教学研究改革、医学人才培养等方面紧密对接、深度融合，为南开大学医学学科迎来全新发展机遇。
天津市第一中心医院
天津市第三中心医院
天津市第四中心医院
天津市眼科医院
天津市口腔医院
天津市人民医院
天津市胸科医院
天津市环湖医院
天津市南开医院
天津市第二人民医院
天津市中心妇产科医院
中国人民解放军第二五四医院
国际交流
医学院立足南开大学优势平台，放眼国内国际顶尖教育，荟萃百家精华，打造医学智库，提升学院整体科研实力。医学院先后与美国、加拿大、英国、德国、法国、瑞典等国多家学术机构建立友好合作关系。现有长期工作外籍教师4人，其中麦金麟教授（Dr.Cameron Rafael McKay）荣获2017年天津市“海河友谊奖”。原剑桥大学校长博雷泽（Leszek Borysiewicz）爵士2009年5月受聘为学院客座教授。学院与哈佛大学、美国拉斯维加斯牙科学院等世界知名高校建立长期合作关系，每年夏季小学期均邀请外方专家教授来我院为同学开设专业课程，双方每年互派教师开展师资交流培训，选派学生互访学习等。
学生培养
医学院以“公能”素质教育为导向，积极组织丰富多彩的学生活动，提升学生综合素质。一年一度的医学院开放日、医学文化节、公能实践月等品牌文化活动逐渐形成。十余支学生社团活动蓬勃发展，为学生的健康成长、成才创造了良好的条件和氛围。学院在多家社会单位建立了社会实践与志愿服务基地。医学院学生经常走进社区，开展医疗健康知识宣传、义诊咨询、支教、红色寻访、关爱自闭症儿童等各类志愿服务活动。
近年来，学院涌现出中国大学生年度人物提名奖、“挑战杯”全国大学生课外学术作品竞赛二等奖、天津市大学生年度人物、“挑战杯”天津市大学生课外学术作品竞赛特等奖、南开大学青年五四奖章获得者、南开十杰等优秀学生典型，良好的氛围引领着莘莘学子不断成长与进步。
桃李芬芳
医学院毕业生以专业技能扎实、德才素质全面、富于开拓精神和实践能力，受到社会各就业领域的青睐。
临床医学专业目前已招收学生30届1480名，毕业生23届804名。其中部分毕业生选择国内外知名高校、科研院所继续深造，如美国加州大学、德国慕尼黑大学、法国里昂大学、韩国首尔大学、新加坡国立大学、香港中文大学、中国人民解放军总医院、中国科学院、复旦大学、上海交通大学、浙江大学等。就业毕业生主要集中在国内知名三甲医院，如北京301医院、北京协和医院、北京同仁医院、北京阜外医院、北京积水潭医院、上海华山医院、天津市肿瘤医院、天津医科大学总医院、天津市第一中心医院、天津市眼科医院等。
口腔医学专业已招收学生10届212人，毕业5届78人，大部分毕业生继续在北京大学口腔医学院、华西口腔医学院、武汉大学口腔医学院、第四军医大学口腔医学院、南开大学医学院等攻读硕士学位，就业学生分布在天津市口腔医院、浙江省武警总队医院、杭州口腔医院等单位。